与流俗别趣，不与他人交往，累官不工作，专一以著述为务，只是一名平民学者，著述之丰，确为魏晋一富豪。《帝王世纪》、《年历》、《高士传》、《逸士传》、《列女传》、《郡国志》、《国都城记》等文史著作广泛采用百纳。在史前研究领域进行大胆的探索和尝试，将史前的开端推上“三皇”时代，并对“三皇五帝”提出自己的观点，主张“三皇”有两种说法：一是天皇氏、地皇氏、人皇氏；换言之，伏羲、神农、黄帝“五帝”是少昊、高阳、高辛、唐尧、虞舜，将中国历史起源的时间提前到上古时代；补充考证了前人和《史记》中词语模糊的历史事实特别是“三皇五帝”的世系纪年和重大活动；历史上对地方名称的前后变更和一个民族或王朝迁徙地名的变化作了较为详细的考证；首次对历代土地、人口情况进行了较为详细的统计和分析，整理保存了许多珍贵资料；把历史人物考察在一定的社会历史条件下，肯定了历史人物在历史前进中的作用。因此，清代历史学家钱熙祚曾评价“皇甫谧博采经传杂书以补史迁缺，所引《世本》诸子，今皆亡逸，断璧残圭，弥堪宝重”。（清钱熙祚“帝王世纪序”）
《皇甫谧集》、《玄晏春秋》、《鬼谷之注》、《玄守》、释劝、笃终三论、《高士》、列女等传、《三都赋序》、诗誄、藏珍、纳萃、字珠玉，文学领域独树—旗帜。提示“文章”的思想性和社会教育作用，比“美”或“丽”更重要，反对夸张夸张竞争，是博言空类。另外，很多文章保存着珍贵的历史资料，历史价值远远超过文学价值。文章犀利的风格、整齐的对句、有节奏的构成、情节、生动的人物形象、思想性和艺术性，对文学的发展起着巨大的积极作用。
他继承了先秦以来一元论的哲学观点，认为气是构成万物生命的根源。他在《针灸甲乙经》中说：“天之于我而德，地之于我而气，德之于流而气薄而生。”。天德，地气，阴阳交合，生成万物，也就是说，上天给予的是生的机会，气给予的是物质基础，二者结合，万物有生化的机会。自然界的万物万象正是受到的气的不同。
从四种气候来说，有春、夏、秋、冬四种气，从自然来说，有风、雨、雷、电等气，气是天地万物最原始的物质基础。人作为自然界的一部分，又是凛然而生的。他以《针灸甲乙经》精神五脏论，称“两精相搏称之为神”，两性精气结合产生新生命，新生命随着形体的完善而具备精神。“人有五脏化的五气，有喜、怒、悲、忧、惧。”。像这样，人类的精神状态是随着物质器官的形成而出现的。人死了就没有形状，精神也就没有了。“精休形散”（《晋书》《皇甫谧》传笃终论）正是这件事。
他特别提到，梦幻的出现，绝不是因为精神能够脱离形体独立活动，只是因为某种因素的刺激，或者情绪的变化无法消除，或者是因为生理器官有病而“让人安睡让梦想快乐”。（《针灸甲乙经》卷六），如果说梦有不同，是刺激的原因不同，或者是有病的器官不同，比如肝脏有病的人，经常做愤怒的梦，睡前吃饱，梦见给别人喂东西等。准确地表现了物质第一、精神第二、存在决定意识等唯物论的想法。
皇甫谧不仅认识了自然界，认识了物质，也看到了一切事物在阴阳两气的矛盾中促进了发展的变化一切事物的盛衰荣枯盛衰和社会历史的演进与进步。他在《甲乙经五脏》中写道：“故阴阳者，万物之始终如一，顺之生，逆之死”，因此，世间一切事物都是纠葛不断，“若不打算一明，悟性的一切；一弛一张，合礼的一方；一浮一沉，两者皆得其真”（《皇甫谧释劝论》）我们认为矛盾的双方不断变化，促进事物的发展和进步。并且在《释劝论》中，阴阳转化的观点是“以寒暑相推，四宿代中，阴阳不治，运化无穷，自然分定，二克厥中”。阴阳不断转化，同时又相互制约。表达了朴素的辩证思想。
因此，皇甫谧累诏不工作的原因，主要是他树立了正确的世界观、人生观，用辩证的观点认识问题，分析问题，解决问题。看到社会动荡和政治漩涡险恶，正如《晋书》阮籍传中所说：“属魏晋时，天下多故，名士稀有全者。”所以，才不愿意进入当权者或当权者之中，与统治阶级为伍。他认为王朝的更迭和替代，表明了社会的进步，这些历史发展的必然规律是不能倒退的，腐败黑暗只是社会进步中逆转的浪花，毕竟被冲刷干净清爽。人类的活动必须跟上时间的潮流，尊重历史的潮流。
