子午，也就是时间的变化。流注，即十二经脉的气的作用和十二经脉的井荣输（原）经合等特定的第一个经穴中出现的气的盛衰，根据年月日等时间而不同。
子午流注针法是指以井、紫、俞、经、合五俞穴合阴五行为基础，结合干支与脏腑、干支合年、月、日，计量经气流注的盛衰与开合，按时取穴的治疗方法。五枢穴配合阴阳五行，十干十二支，十干配脏腑，由地支配脏腑这四个部分组成。
临床中对此法的运用主要有子午流注纳子法和子午流注纳甲法两种。
1.子午流注nako法
子午流注纳支法是根据十二支的属性选择十二经脉第五个穴和原穴，一天一次绕十二经脉，按时取经穴的方法。具体的方法是这样的。
（1、本经脉经气流注时，取本经适当穴位进行针灸治疗。
（2、子母补泻取穴法，证实时，气血流注病经时，取病经子穴进行针灸（泻法）；虚证时，气血流经病经时，取病经母穴进行针灸（补法）；虚实不著病证或补泻时已过，取病经本穴或原穴进行针灸。
2.子午流注纳甲法
子午流注纳甲法或子午流注纳干法是根据针灸治疗的目时辰与经脉的对应关系图枣寅肺、卯大肠的时干属性，选择12个经脉第5个和原穴，以1个时辰为取穴时间单位，10天内循环六十六穴的时间取穴法。具体的方法是这样的。
（1、取孔原则。阳时（日十干取阳）、阳时（日十干取阳）取阳经穴；阴日（日十干阴），阴时（日十干阴）取阴经穴。
（2、配合日期使用。甲与己、乙与庚、丙与辛、丁与壬、戊与癸为合日，合日之间可适用各自时的开孔。
